Il existe plusieurs objections à la manière dont le Saint et Grand Concile a été organisé. Malgré la prépondérance de l'écclésiologie eucharistique dans la vision ecclésiologique orthodoxe moderne, le Concile n'a pas été capable, en pratique, de la prendre suffisamment en considération. Le clergé et les laïcs n'ont, la plupart du temps, pas du tout été impliqués dans la préparation. D'une certaine manière, cela a discrédité la conciliarité du Concile, et ce dès son lancement. Dans la mesure où le clergé et les laïcs n'ont pas été consultés, l'impression dominante est que les évêques ont siégé au Concile en tant qu'« individus » plutôt qu'en qualité de pasteurs et de « représentants » de leurs communautés eucharistiques.